يتألف الهيكل التنظيمي لكلية هندسة المعلومات من شقين اساسين هما الهيكل العلمي والهيكل الاداري حيث يتم الاشراف المباشر عليهما من قبل عميد الكلية ويترأسهما كل من معاون العميد للشؤون العلمية والطلبة ومعاون العميد للشؤون الادارية والمالية. يعتبر مجلس الكلية هو السلطة العليا التي تتخذ وتوصي بالاجراءات العلمية والادارية وحسب اللوائح الصادرة عن وزارة التعليم العالي والبحث العلمي. يتألف الهيكلين العلمي والاداري بدورهما من شعب ووحدات تؤدي المهمة الموكلة لهم كل حسب طبيعة عمله وكما موضح في الشكل الهرمي التالي: